Avrupa Komisyonu (İng: European Commission) ya da tam adıyla Avrupa Toplulukları Komisyonu (İng: Commission of the European Communities), yaklaşık 16.000 personelle desteklenip 27 komisyon üyesinden oluşan Avrupa Birliği politikalarının tasarlayıcısı ve koordinatörü, başka bir deyişle Avrupa Birliği'nin yürütme organıdır. Mevzuat önerileri hazırlayıp, Avrupa Parlamentosu ve Avrupa Konseyi'ne sunar. Bu organlarca hazırlanan bütçe ve programları uygulamakla yükümlüdür.
Komisyon topluluk antlaşmalarının koruyucusudur ve Avrupa Adalet Divanı ile birlikte Avrupa birlik hukukunun doğru uygulanmasını sağlar. Uluslararası platformlarda ve uluslararası antlaşmaların müzakerelerinde bilhassa ticaret ve işbirliği alanında Avrupa Birliği'ni temsil eder. Komisyon üyelerinin her biri farklı bir politika alanından sorumlu bir genel müdürlüğe başkanlık eder. Bu üyeler kendi ulusal hükümetlerinin isteklerinden bağımsız hareket etmek zorundadırlar.
Komisyonun başkanlığına, 2004 yılı Kasım ayında Avrupa Parlamento'sunda yapılan güvenoylaması sonrasında 5 yıllığına Jose Manuel Barroso getirilmiştir. Başkan ve Komisyon üyeleri üye ülke hükümetleri tarafından uzlaşma yoluyla atanır ve ancak Avrupa Parlamentosu tarafından görevinden alınabilir.
