Adalara ilk yerleşenlerin Aravak Yerlileri olduğu sanılır. Kristof Kolomb 1493'te St. Croix'ya ayak bastığında adada savaşçı Karipler yaşıyordu. Kariplerin adada geniş çiftlikleri ve yerleşmeleri vardı. Kolomb adalara, Azize Ursula ve 11 bin şehit bakirenin onuruna Santa Ursula y las Once Mil Virgines adını verdi. 1555'te bir İspanyol keşif birliği Karipleri yenilgiye uğratarak adaları İspanya'ya bağladı. 1625'e gelindiğinde St. Croix Adasında İngiliz ve Fransız göçmenler çiftçilik yapıyorlardı; ada ayrıca korsanların barınağı durumuna gelmişti. 1650'de İspanyollar İngiliz göçmenleri adalardan çıkardılarsa da adalar aynı yıl Fransız denetimine girdi. 1653'te St. Croix Adası Malta Şövalyeleri'ne miras kaldı; onlar da adayı Fransız Batı Hint Kumpanyası'na sattılar. Tortola'yı yurt edinen Felemenkli korsanlar 1666'da İngilizler tarafından kovuldu. Bu arada St. Thomas ve St. John adalarını ele geçirerek plantasyonlar kuran Danimarkalılar, önce mahkumları, 1673'ten sonra da Afrikalı köleleri çalıştırarak şekerkamışı yetiştirmeye başladılar. Afrika'dan köle alımı, Avrupa'ya gönderilen rom ile melas ve adalara gelen Avrupa malları ticaretin gelişmesini sağladı.Zamanla St. Thomas Adası Antiller'de önemli bir köle pazarı durumuna geldi. 1733'te St. Croix'yi satın alan Danimarkalılar adayı önemli bir şekerkamışı üretim merkezi durumuna dönüştürdüler. Şeker sanayisinin gerilemeye başladığı 19. yüzyıl başlarında kölelerin çıkardığı iki ayaklanma plantasyon ekonomisini sarstı. Adalarda kölelik 1848'de kaldırıldı. ABD'nin adaları satın almak için başlattığı girişimler sonunda, 1917'de 25 milyon ABD Doları'na anlaşma sağlandı.
Başlangıçta, ABD Deniz Kuvvetleri'nin yönettiği adalar 1931'de İçişleri Bakanlığı'na devredildi ve başkanca atanan sivil bir vali görevlendirildi. 1927'de ada halkına ABD vatandaşlığı tanındı.1945'te turizmin gelişmesiyle adaların önemi arttı. 1970'te halk tarafından seçilen ilk vali göreve başladı. 1976'da ABD Kongresi ile başkanın onayından geçme koşuluyla adalara bir anayasa hazırlama hakkı tanındı. 1978'de tamamlanan anayasa 1979 ve 1981'de yapılan iki halkoylamasında da reddedildi.
