Derneğin kurucuları arasında Ord. Prof. Dr. Hıfzı Veldet Velidedeoğlu, Doç. Dr. Bahriye Üçok ve Prof. Dr. Muammer Aksoy bulunmaktadır.
Dernek, 14 Nisan 2007 tarihinde Ankara'da başlayandaha sonra diğer illerde de devam ettirilerek sonuncusu İzmir'de gerçekleştirilen Cumhuriyet Mitinglerinin organizasyonunu yapmıştır.
1 Temmuz 2008 sabahı, Ergenekon örgütü soruşturması kapsamında İstanbul Cumhuriyet Savcısı Zekeriya Öz'ün talimatıyla Ankara Emniyet Müdürlüğü'nün Terörle Mücadele Şubesi tarafından Atatürkçü Düşünce Derneği'nin Ankara Batıkent'teki genel merkezinde araştırma yapılmış ve derneğin genel başkanı eski Jandarma Genel Komutanı emekli orgeneral Şener Eruygur, oturduğu askerî lojmanda gözaltına alınmıştır.
Dernek, 2008 Nisan ayında Atatürk’e hakaret içerdiği gerekçesi ile sites.google.com üzerinde kurulu bir web sitesine erişimin engellenmesi için dilekce vermiştir.[3] ADD’nin Google.com’un kapatılması yönünde dilekçe verdiği şeklinde çıkan haberler üzerine ise bir basın açıklaması ile dilekçenin amacının Google.com’un kapatılması olmadığı, ancak Google.com’un kapatılması olasılığı karşısında gösterilen tepkinin Atatürk’e yapılan hakaretler karşısında gösterilmemesinin de anlaşılamadığı kamuoyuna duyurulmuştur.